Hello,

I have tried doing make alltests and found that some things work, and some don’t. 

I am copying the failures below.  Maybe this has everything to do with petsc not being properly set up?  Or at least not knowing the path?

I am happy to try whatever you suggest.

Francis

================================================================================ FAILURES =================================================================================

________________________________________________________________________ test_assemble_with_tensor ________________________________________________________________________

cg1 = <firedrake.functionspace.WithGeometry object at 0x2b4ee36e8690>

    def test_assemble_with_tensor(cg1):

        v = TestFunction(cg1)

        L = v*dx

        f = Function(cg1)

        # Assemble a form into f

        f = assemble(L, f)

        # Assemble a different form into f

        f = assemble(Constant(2)*L, f)

        # Make sure we get the result of the last assembly

>       assert np.allclose(f.dat.data, 2*assemble(L).dat.data, rtol=1e-14)

E       assert <function allclose at 0x2b4dd64cd848>(array([ 0.04      ,  0.01333333,  0.04      ,  0.08      ,  0.04      ,\n      ...     ,  0.08      ,  0.04      ,  0.04      ,  0.04      ,\n        0.01333333]), (2 * array([ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,\n      ...,  0.,  0.,  0.,  0.,\n        0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.])), rtol=1e-14)

E        +  where <function allclose at 0x2b4dd64cd848> = np.allclose

E        +  and   array([ 0.04      ,  0.01333333,  0.04      ,  0.08      ,  0.04      ,\n      ...     ,  0.08      ,  0.04      ,  0.04      ,  0.04      ,\n        0.01333333]) = Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8641').data

E        +    where Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8641') = Coefficient(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8534), FiniteElement('Lagrange', triangle, 1)), 12698).dat

E        +  and   array([ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,\n      ...,  0.,  0.,  0.,  0.,\n        0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.]) = Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8641').data

E        +    where Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8641') = Coefficient(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8534), FiniteElement('Lagrange', triangle, 1)), 12701).dat

E        +      where Coefficient(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8534), FiniteElement('Lagrange', triangle, 1)), 12701) = assemble(Form([Integral(Argument(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle,...VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8534), 'everywhere', {}, None)]))

tests/regression/test_assemble.py:83: AssertionError

_________________________________________________________________ test_assemble_rhs_with_without_constant _________________________________________________________________

V = <firedrake.functionspace.WithGeometry object at 0x2b4f28b15550>

    def test_assemble_rhs_with_without_constant(V):

        cache = assembly_cache.AssemblyCache()

        cache.clear()

        v = TestFunction(V)

        f = Function(V)

    

        f = assemble(v*dx, f)

        f = assemble(Constant(2)*v*dx, f)

    

        assert cache.num_objects == 2

>       assert np.allclose(f.dat.data_ro, 2 * assemble(v*dx).dat.data_ro)

E       assert <function allclose at 0x2b4dd64cd848>(array([ 0.04      ,  0.01333333,  0.04      ,  0.08      ,  0.04      ,\n      ...     ,  0.08      ,  0.04      ,  0.04      ,  0.04      ,\n        0.01333333]), (2 * array([ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,\n      ...,  0.,  0.,  0.,  0.,\n        0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.])))

E        +  where <function allclose at 0x2b4dd64cd848> = np.allclose

E        +  and   array([ 0.04      ,  0.01333333,  0.04      ,  0.08      ,  0.04      ,\n      ...     ,  0.08      ,  0.04      ,  0.04      ,  0.04      ,\n        0.01333333]) = Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8653').data_ro

E        +    where Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8653') = Coefficient(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8651), FiniteElement('Lagrange', triangle, 1)), 12714).dat

E        +  and   array([ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,\n      ...,  0.,  0.,  0.,  0.,\n        0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.]) = Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8653').data_ro

E        +    where Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8653') = Coefficient(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8651), FiniteElement('Lagrange', triangle, 1)), 12717).dat

E        +      where Coefficient(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8651), FiniteElement('Lagrange', triangle, 1)), 12717) = assemble((Argument(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8651), FiniteElement('Lagrange', triangle, 1)), 0, None) * dx))

tests/regression/test_assembly_cache.py:100: AssertionError

________________________________________________________________________ test_solve_then_assemble _________________________________________________________________________

V = <firedrake.functionspace.WithGeometry object at 0x2b4f28b15550>

    def test_solve_then_assemble(V):

        cache = assembly_cache.AssemblyCache()

        cache.clear()

        u = TrialFunction(V)

        v = TestFunction(V)

        a = u*v*dx

        L = v*dx

        f = Function(V)

    

        A = assemble(a)

        b = assemble(L)

        solve(A, f, b)

    

        assert np.allclose(f.dat.data, 1)

>       assert np.allclose(assemble(L).dat.data, b.dat.data)

E       assert <function allclose at 0x2b4dd64cd848>(array([ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,\n      ...,  0.,  0.,  0.,  0.,\n        0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.]), array([ 0.02      ,  0.00666667,  0.02      ,  0.04      ,  0.02      ,\n      ...     ,  0.04      ,  0.02      ,  0.02      ,  0.02      ,\n        0.00666667]))

E        +  where <function allclose at 0x2b4dd64cd848> = np.allclose

E        +  and   array([ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,\n      ...,  0.,  0.,  0.,  0.,\n        0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.]) = Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8683').data

E        +    where Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8683') = Coefficient(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8651), FiniteElement('Lagrange', triangle, 1)), 12776).dat

E        +      where Coefficient(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8651), FiniteElement('Lagrange', triangle, 1)), 12776) = assemble(Form([Integral(Argument(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle,...VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8651), 'everywhere', {}, None)]))

E        +  and   array([ 0.02      ,  0.00666667,  0.02      ,  0.04      ,  0.02      ,\n      ...     ,  0.04      ,  0.02      ,  0.02      ,  0.02      ,\n        0.00666667]) = Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8683').data

E        +    where Dat(DataSet(Set((36, 36, 36, 36), 'None_nodes'), (1,), 'None_nodes_dset'), None, dtype('float64'), 'function_8683') = Coefficient(FunctionSpace(Mesh(VectorElement('Lagrange', triangle, 1, dim=2), 8651), FiniteElement('Lagrange', triangle, 1)), 12774).dat

tests/regression/test_assembly_cache.py:185: AssertionError

==================================================== 3 failed, 3480 passed, 89 skipped, 15 xfailed in 1170.17 seconds =====================================================

make: *** [test] Error 1

(firedrake)fpoulin@vortex:~/software/firedrake/src/firedrake$ Write failed: Broken pipe