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MAIL=/var/spool/mail/msarrafj
LANG=en_US.UTF-8
MODULEPATH=/usr/share/Modules/modulefiles:/etc/modulefiles
LOADEDMODULES=
PS1=(firedrake) [\u@\h \W]\$
HISTCONTROL=ignoredups
KRB5CCNAME=FILE:/tmp/krb5cc_418246747_Pi8UI3
SHLVL=1
PETSC_CONFIGURE_OPTIONS=--download-ml
LOGNAME=msarrafj
SSH_CONNECTION=129.7.154.32 59265 172.21.38.71 22
MODULESHOME=/usr/share/Modules
LESSOPEN=||/usr/bin/lesspipe.sh %s
XDG_RUNTIME_DIR=/run/user/418246747
BASH_FUNC_module()=() { eval `/usr/bin/modulecmd bash $*`
}
_=/usr/bin/env
Thanks,
Mohammad
On 23 Apr 2018, at 20:57, Mohammad Sarraf Joshaghani <m.sarraf.j@gmail.com> wrote:
Dear Lawrence,
I get:
$ ldd /home/cougarnet.uh.edu/msarrafj/Software/firedrake/src/PyOP2/pyop2/sparsity.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffc197fc000)
libpetsc.so.3.8 => /lib64/libpetsc.so.3.8 (0x00007f0bfb6b8000)
This looks to be the problem, I think. Assuming that you got firedrake-install to install PETSc, it should be installed in:
/home/
cougarnet.uh.edu/msarrafj/Software/firedrake/lib/.../petscWhereas here it looks like the linker is picking up a system-installed PETSc.
That dynamic library was linked as:
gcc -pthread -shared -Wl,-z,relro -g build/temp.linux-x86_64-3.6/pyop2/sparsity.o -L/usr/lib64 -lpetsc -lpython3.6m -o /home/
cougarnet.uh.edu/msarrafj/Software/firedrake/src/PyOP2/pyop2/sparsity.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so -L/home/
cougarnet.uh.edu/msarrafj/Software/firedrake/lib64/python3.6/site-packages/petsc/lib -Wl,-rpath,/home/
cougarnet.uh.edu/msarrafj/Software/firedrake/lib64/python3.6/site-packages/petsc/libSo we bake the rpath to PETSc in. But somehow when running, you don't pick that one up.
Can you show the output of "env" in the same shell you ran "ldd" please?
Cheers,
Lawrence
libpython3.6m.so.1.0 => /lib64/libpython3.6m.so.1.0 (0x00007f0bfb18f000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f0bfaf73000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f0bfabb0000)
libgfortran.so.3 => /lib64/libgfortran.so.3 (0x00007f0bfa88d000)
libsuperlu.so.5.1 => /lib64/libsuperlu.so.5.1 (0x00007f0bfa618000)
libumfpack.so.5 => /lib64/libumfpack.so.5 (0x00007f0bfa363000)
libklu.so.1 => /lib64/libklu.so.1 (0x00007f0bfa12e000)
libcholmod.so.2 => /lib64/libcholmod.so.2 (0x00007f0bf9e42000)
libamd.so.2 => /lib64/libamd.so.2 (0x00007f0bf9c38000)
libopenblas.so.0 => /lib64/libopenblas.so.0 (0x00007f0bf7767000)
libX11.so.6 => /lib64/libX11.so.6 (0x00007f0bf7429000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f0bf7127000)
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007f0bf6f22000)
libstdc++.so.6 => /lib64/libstdc++.so.6 (0x00007f0bf6c1a000)
libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007f0bf6a04000)
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x00007f0bf6800000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055a8504ca000)
libquadmath.so.0 => /lib64/libquadmath.so.0 (0x00007f0bf65c4000)
libsatlas.so.3 => /usr/lib64/atlas/libsatlas.so.3 (0x00007f0bf59af000)
libsuitesparseconfig.so.4 => /lib64/libsuitesparseconfig.so.4 (0x00007f0bf57ac000)
libcolamd.so.2 => /lib64/libcolamd.so.2 (0x00007f0bf55a4000)
libbtf.so.1 => /lib64/libbtf.so.1 (0x00007f0bf53a0000)
libcamd.so.2 => /lib64/libcamd.so.2 (0x00007f0bf5194000)
libccolamd.so.2 => /lib64/libccolamd.so.2 (0x00007f0bf4f88000)
libxcb.so.1 => /lib64/libxcb.so.1 (0x00007f0bf4d60000)
libXau.so.6 => /lib64/libXau.so.6 (0x00007f0bf4b5b000)
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